Su padre Jacob Gottlieb Heine (1759-1836) fue Consejero de la Judicatura y poseía algunas tierras.
Ferdinand estudió como sus dos hermanos mayores en Jura; y tomó un puesto en el Tribunal Regional Superior.
Se casó en 1839; en 1840 nació el más joven de los ocho hijos Ferdinand Heine Junior, que más tarde pasó a trabajar en la colección de aves y se hizo cargo de su seguridad.
Jean Cabanis escribió sobre esa colección en Museum Heineanum.
Verzeichniss der ornithologischen Sammlung des Oberamtmann Ferdinand Heine, Gut auf St.