Debuta en Argentina con la camiseta del Rosario Sonder en la temporada 2005-06,[2]​ donde gana una Copa ACLAV.

En la temporada 2009-10 acompañó a su padre a la Zinella Volley Bologna, aún en la categoría de la Serie A2, para luego debutar en la Serie A1 en la siguiente temporada, cuando es fichado por la Lube, con la que gana una Challenge Cup.

Después de tres años en el club polaco, en la temporada 2016-17 se une al Shanghai Golden Age, con el que disputa la máxima liga china conquistando dos títulos nacionales consecutivos; en el período entre las dos temporadas, juega en la Qatar Volleyball League con el El-Jaish SC.

En 2012, integró la Selección nacional que obtuvo el quinto puesto en los Juegos Olímpicos de Londres 2012.

Facundo es hijo del exjugador y medallista olímpico de voleibol Hugo Conte.