Fue fundado en el año 2010 en la ciudad de Tucson, Arizona como un equipo que hacía eventos pretemporada de la MLS para generar el interés por el fútbol en la ciudad.

[7]​ En la temporada 2012 ingresaron a la USL Premier Development League,[8]​ en la cual llegaron a las semifinales de la conferencia del oeste[9]​ y perdieron 1-2 ante el Seattle Sounders II 1-2.

[10]​ Para la temporada 2013 no pudieron clasificar a los playoffs,[11]​ aunque sí participaron por primera vez en la US Open Cup, en la cual dejaron en el camino al Phoenix FC[12]​[13]​[14]​[15]​ y al San Antonio Scorpions,[16]​[17]​[18]​[19]​[20]​ ambos equipos de ligas superiores, pero el sueño terminó en la tercera ronda al ser eliminados por el Houston Dynamo de la MLS.

[21]​[22]​[23]​[24]​[25]​[26]​ En la temporada 2014 consiguieron ganar su primer título divisional, y obtuvieron su primera victoria en los playoffs al vencer a Los Angeles Misioneros 2-1 en Las Vegas, Nevada[27]​ y en las semifinales de conferencia vencieron al Vancouver Whitecaps II 1-0, pero perdieron en la final de la conferencia del oeste ante el Kitsap Pumas 0-3.

[28]​ La principal rivalidad del FC Tucson es con el Albuquerque Sol en el llamado Southwestern Showdown, una serie de tres partidos en la que el equipo vencedor gana el trofeo Golden Rattler.