El club fue fundado en 1937 como Lokomotiv Krasnoyarsk y pasó una temporada en la clase D del campeonato soviético de fútbol.En 1957 el club fue reintegrado bajo el mismo nombre en la zona del Lejano Oriente de la clase B.[1] Desde febrero de 2010 el nombre oficial del club es Metallurg-Yenisey (oficialmente el Metallurg fue excluido de la liga y se admitió en su lugar al club independiente Metallurg-Yenisey).Ni el Yenisey ni sus antecesores disputaron la Soviet Top Liga o la Liga Premier de Rusia.Desde 1991, el club ha descendido en cuatro ocasiones a la Segunda División de Rusia.
