En 1990, la asociación deportiva de la empresa (BSG) se disolvió y el club pasó a llamarse FC Energie Cottbus.

Los colores de su club han sido el rojo y el blanco desde su fundación.

1997 Campeón de la Regionalliga Nordost y ascenso a la 2.

Subcampeón de la copa alemana, se pierde la final con el VfB Stuttgart por 2-0.

2000 Ascenso por primera vez a la Bundesliga, gracias al 3 puesto.

2007 Acaba en una modesta 13 posición, una pequeña decepción, ya que a cinco jornadas del final, solo estaba a 3 puntos de puestos UEFA 2009 Acaba en la posición 16 con 30 puntos, luchando por la permanencia en la promoción de descenso contra el 1 FC.

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