Fue por primera vez descrito por Ferdinand von Mueller en 1882, basado en los especímenes recolectados cerca de los ríos Greenough y Arrowsmith, y también de los que recogió John Forrest cerca del Río Moore.El nombre específico le hace honor a Emil Todt, un artista botánico.[4] Ha tenido una historia taxonómica sin incidentes, sin subespecies ni variedades, y tampoco sinónimos.[7] Eucalyptus todtiana fue descrita por Ferdinand von Mueller y publicado en Southern Science Record 2: 171.En Eucalyptus L'Hér., los pétalos, soldados entre sí y a veces también con los sépalos, forman parte del opérculo, perfectamente ajustado al hipanto, que se desprende a la hora de la floración.