Estonia en los Juegos Olímpicos está representada por el Comité Olímpico Estonio, miembro del Comité Olímpico Internacional desde el año 1991.

[1]​ Los deportistas estonios han competido bajo diferentes banderas: antes de 1936 bajo la bandera de Estonia, de 1952 a 1988 bajo la bandera de la Unión Soviética y a partir de 1992 nuevamente como Estonia.

Ha participado en 14 ediciones de los Juegos Olímpicos de Verano, su primera presencia tuvo lugar en Amberes 1920.

[2]​ En los Juegos Olímpicos de Invierno ha participado en 11 ediciones, siendo Sankt-Moritz 1928 su primera aparición en estos Juegos.

El país ha conseguido un total de 8 medallas en las ediciones de invierno: 4 de oro, 2 de plata y 2 de bronce.