La estación fue inaugurada en 1871 y es el mayor centro ferroviario del país y de la histórica región de Besarabia, ya que cuenta con conexiones internacionales a las principales ciudades de Rusia y Europa del Este.
Durante la Segunda Guerra Mundial el edificio de la estación fue destruido en varias ocasiones.
Según algunos informes, el mayor ataque a la estación fue de la Fuerza Aérea de Estados Unidos, que realizó bombardeos masivo durante una noche y destruyó casi la totalidad de la parte vieja de la capital moldava (actualmente la avenida Grigore Vieru y la antigua avenida Renasterii).
La estación fue reconstruida en 1948 por el arquitecto L. Chuprin, asesor del destacado arquitecto Alekséi Shchúsev, y en las obras de reconstrucción participaron prisioneros de guerra alemanes.
[2] Las paredes del nuevo edificio fueron construidas con piedra y ladrillo.