Entre 1926 y 1933 fue profesor numerario en la Universidad de Hamburgo, donde había empezado a enseñar en 1921, pero abandonó Alemania cuando los nazis tomaron el poder (era de ascendencia judía) y se instaló en Estados Unidos, a donde ya había viajado como profesor invitado en 1931.
El arte medieval y el del Renacimiento (que estudió profundamente), han quedado definidos en su libro Renaissance and Renascences in Western Art.
Una amistad personal y profesional le unió a Fritz Saxl en colaboración con quien realizó gran parte de su obra.
Los primeros profesores Panofsky han sido Victor Stoichita (2016), Gauvin Alexander Bailey (2017), Caroline van Eck (2018), y Olivier Bonfait (2019).
-En "Arquitectura gótica y pensamiento escolástico" (1951), estudia las relaciones entre el arte gótico clásico y el pensamiento de la escolástica: ambos responden al mismo “hábito mental”, es decir, responden a unas ideas rectoras de la cultura que impregnan todas sus manifestaciones.
Los escolásticos representan el universo como una entidad de carácter divino evidente en sí misma, por lo tanto, inalterable y absoluta.
Por ello el constructor medieval, al igual que el filósofo no pretendía crear formas nuevas ni ser original.
En su artículo "La Historia del Arte en cuanto a disciplina humanística", aborda la iconología desde el punto de vista metodológico.
Partiendo del relativismo cultural, nos dice que todo hecho está inscrito en unas coordenadas espaciales y temporales.
Descripción preiconográfica: El historiador del arte consigna aquellos datos que posee la obra, fácticos y expresivas.