Juega como guardameta y su equipo actual es Boston River Debutó profesionalmente en Sud América en el año 2002.
Fue transferido a River Plate, donde permaneció hasta el año 2009.
Pasó al Club Atlético Peñarol.
Luego de un año sin poder tener minutos en el plantel principal, Hernández parte en condición de libre a su antiguo club, River Plate.
Luego conformó la plantilla del equipo ya desaparecido, Uniautonoma FC, equipo de Barranquilla que compitió en la primera división de Colombia, Liga Águila, donde para ascender al equipo a la primera quedó campeón de la Categoría Primera B frente al Unión Magdalena.