Los Astros seleccionaron a Hernández en la sexta ronda del Draft de las Grandes Ligas de 2009, y fue convocado a las Grandes Ligas por primera vez en 2014.

Hernández asistió a la escuela secundaria en la Academia Militar Americana en Guaynabo, Puerto Rico.

[2]​ Hizo su debut en las Grandes Ligas el mismo día, entrando en un juego contra los Marineros de Seattle como reemplazo defensivo en la séptima entrada y recogiendo dos hits, el primero de ellos.

En general, Hernández apareció en 18 juegos para los Marlins y bateó .175 / .267 / .425 (siete hits en 40 al bate).

En agosto, Hernández reemplazó a Joc Pederson como el jardinero central titular principal, aunque se perdió gran parte de septiembre con una tensión en los isquiotibiales.

Jugó en 76 juegos para el equipo en 2015, bateando .307 / .346 / .490, con siete jonrones y 22 carreras impulsadas.

En 2016, Hernández fue menos efectivo, bateando solo .190 / .283 / .324 con siete jonrones y 18 carreras impulsadas en 109 juegos.

También es el jugador de la primera posición en renunciar a un jonrón sin cita.

Terminaría la temporada bateando .237 con 17 jonrones y 62 carreras impulsadas que alcanzan el récord personal.