Enfrentamiento en Nochixtlán

[13]​ Más tarde, la policía reconocía que sí hubo uso de armas de fuego, aunque según su versión, este ocurrió cuando «grupos radicales» comenzaron a disparar contra la población y los agentes federales,[14]​ lo que los obligó a «cambiar de estrategia»;[10]​ y que «muy al final del proceso llegó personal con armas; ya había pasado todo, ya habíamos ordenado el repliegue táctico».[18]​[14]​ El enfrentamiento también dejó 23 personas detenidas, de las cuales, 18 fueron arrestadas mientras se encontraban en un cementerio local preparando un funeral.[20]​ Cinco civiles fallecidos[10]​[21]​ fueron identificados como: El 20 de junio, Amnistía Internacional llamó al gobierno mexicano a esclarecer los hechos.[30]​ Por su parte, la Oficina en México del Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Derechos Humanos condenó los hechos y solicitó una investigación independiente.[31]​ Adelfo Regino Montes, quien desempeñaba el cargo de secretario en Asuntos Indígenas[32]​ y Daniel Gutiérrez Gutiérrez, cuyo cargo era secretario del trabajo, renunciaron al gabinete de gobernador Gabino Cué Monteagudo al considerar que los actos ocurridos han reprimido violentamente a los ciudadanos oaxaqueños.