Tras excelentes temporadas con el instituto "Prime Prep Academy", Mudiay fue clasificado como el segundo mejor recluta en su clase por Rivals.com.

Mudiay seleccionó la Universidad Metodista del Sur sobre otras posibilidades como Arizona, Baylor, Kansas, o Kentucky.

[14]​ Apenas dispuso de unos minutos en dos partidos, promediando 1,5 puntos y 2,0 asistencias.

[17]​ Emmanuel nació en Kinsasa, hijo de Jean-Paul Mudiay y Therese Kabeya.

Su padre falleció cuando Mudiay era un niño, y la familia fue tremendamente sacudida por la segunda guerra del Congo.

Mudiay vivió bajo la amenaza constante de soldados tutsis en la región.

Habló principalmente francés al llegar a los Estados Unidos, pero su hermano menor dijo, "Nos sentimos como americanos."