Eboué se graduó en la academia futbolística de Jean-Marc Guillou en Abiyán, y posteriormente pasó a jugar en el ASEC Mimosin.

Tras su regreso jugó su primer partido en la Premier League ante el Liverpool FC en Anfield, después de que Lauren se lesionase.

Con su compañero lesionado por el resto de la temporada, Eboué se hizo con la plaza titular.

[1]​ En la temporada 2006-07 fue elegido como el mejor jugador del Arsenal del mes de septiembre, pero se lesionó para todo el mes de octubre.

Tuvo problemas en el tobillo durante diciembre y enero de 2007 y tras muchas reapariciones, sobre todo contra los equipos importantes como Liverpool FC o Manchester United, Wenger decidió esperar hasta estar seguros de que no habría ninguna recaída.

Volvió para jugar la final de la Copa de la Liga y durante el encuentro golpeó al defensor del Chelsea FC, Wayne Bridge durante una pelea entre John Obi Mikel y Kolo Touré.

Los árbitros omitieron el incidente pero la Federación Inglesa le sancionó con tres partidos.

Eboué fue seleccionado también para disputar la Copa Mundial de Fútbol 2006 en Alemania.

Disputó todos los minutos de su selección, 270, en los que perdió ante Argentina por 2-1, ante los Países Bajos por idéntico resultado y ganó ante Serbia y Montenegro por 3-2 siendo eliminados del grupo.