Su rol debut en la película Breaking the Waves de 1996 la convirtió rápidamente en estrella, otorgándole su primera candidatura al premio Óscar.

En 2002 protagonizó con éxito las obras teatrales Noche de reyes y Tío Vania, recibiendo el premio Olivier por la última.

La primera aparición de Watson en la pantalla grande fue en 1996 en la película Breaking the Waves, dirigida por el danés Lars von Trier.

En 1999, otra vez como en 1996, Watson fue nominada para un Oscar como mejor actriz por su interpretación de la chelista británica Jacqueline du Pré en la película Hilary and Jackie.

En 2010, encarnando a la trabajadora social Margaret Humphreys en Oranges and Sunshine[1]​ recibió varios premios por su labor.