La Eliminatoria al Campeonato Juvenil Africano de 2013 fue la fase previa que disputaron las selecciones juveniles de África para poder clasificar a la fase final del torneo que se disputó en Argelia, la cual otorgaba 4 plazas para la Copa Mundial de Fútbol Sub-20 de 2013.
La eliminatoria constó de 3 rondas de eliminación directa ida y vuelta, en donde los vencedores de la segunda ronda clasificaron a la fase final del torneo junto al anfitrión Argelia.
[1] 2 Gambia abandonó el torneo luego de jugar el partido de ida.
3 Zimbabue abandonó el torneo luego de jugar el partido de ida.
4 Lesoto abandonó el torneo.