En el año 2021 fue propuesta como precandidata del Partido Revolucionario Institucional (PRI) a la alcaldía de Colima.
El 6 de junio del 2021 la coalición PAN-PRI-PRD “Va por Colima”[4] obtuvo el triunfo[5] convirtiendo a Margarita Moreno González en la primera Presidenta Municipal electa de Colima,[6] cargo que tendrá durante el periodo 2021-2024.
[8] Su triunfo fue impugnado por Morena y el Partido Encuentro Solidario, sin embargo tanto el Tribunal Electoral del Estado de Colima como la Sala Superior del Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación (TEPJF) desestimaron estas impugnaciones convirtiéndose Margarita Moreno González en la primera presidenta municipal de Colima.
Margarita Moreno asumió funciones el 15 de octubre del 2021.
A finales de su administración, decidió salir del partido PRI y cambiar de partido a Movimiento Cuidando.