McDuffie obtuvo tres nominaciones al Premio Eisner por su trabajo en cómics.

[2]​[3]​ Obtuvo una licenciatura en Inglés, recibiendo más adelante un título de Maestría en Física.

Su primer trabajo importante fue en Control de Daño, una miniserie sobre la compañía que realiza las reparaciones de los daños que ocasionan las luchas entre super héroes y super villanos.

Además, escribía Monstruo en Mi Bolsillo para el editor de Cómics del Harvey Sid Jacobson, quien lo citó en su sitio web afirmando que le enseñó todo lo que sabe.

El trabajo de McDuffie está también acreditado en Ben 10: Omniverse, habiendo compartido crédito por la historia en los primeros dos episodios, "Entre más cambian las cosas, Partes 1 y 2."

En 2007, escribió varios capítulos de Firestorm para DC Cómics, desde sus comienzo hasta su cancelación.

[2]​ McDuffie escribió Milestone Forever para DC Cómics, una miniserie en dos capítulos relatando las aventuras finales de sus personajes de Milestone Media antes del acontecimiento catastrófico que fusiona su continuidad con la continuidad del Universo DC.

Ese mismo año, un comedor llamado "McDuffie's" aparece en una escena de la serie animada La Linterna Verde, episodio "El Tipo Nuevo".

También en 2012, el episodio "Daño" de Ultimate Spider-Man se le hizo una referencia como tributo.

En 2019, se reveló que el apellido del personaje de DC Comics Naomi es McDuffie.