Por orden imperial, la familia Atreides deberá hacerse cargo de la explotación del desértico planeta Arrakis, conocido también como «Dune», es el único planeta donde se encuentra la especia melange, una potente droga que además, es necesaria como combustible para los vuelos espaciales.

Paul, el hijo del duque Leto Atreides, deberá huir al desierto, donde le esperan múltiples peligros y una última oportunidad de vengarse y volver a su legítimo lugar como gobernante de Arrakis.

La sustancia más valiosa del imperio es la especia, una droga que prolonga la vida y expande la conciencia de la gente.

En el mundo industrial de Giedi Prime, el sádico y depravado barón Vladimir Harkonnen, en una reunión les cuenta a sus sobrinos, Glossu "La Bestia" Rabban y Feyd-Rautha, su plan secreto para eliminar la Casa Atreides, manipulando a alguien en la órbita del gobierno del Duque Leto para traicionarlo, al sabotear los sistemas de defensa de la ciudad, todo esto con el respaldo del Emperador y los Navegantes, muy desconfiados de la familia Atreides y ahora buscan destruir.

Duncan Idaho, uno de los comandantes leales a Leto, le dice sospechar en el planeta Dune existe un gran número de Fremen ocultos en lugares remotos, inexplorados y en las montañas, y podrían resultar ser poderosos aliados en el futuro, ante la enemistad existente con la familia Harkonen.

Su asistente Idaho muere, Leto es capturado y casi toda la Casa Atreides es asesinada sin piedad por los soldados al servicio de los Harkonnen.

También logra ver con su mente, ellos temen pueda consumir el Agua de la Vida, oculta en un pozo secreto del planeta.

Paul lanza un ataque final contra los Harkonnen en la ciudad capital de Arrakeen y derrota a todos los soldados Sardaukar del Emperador.

Alia les advierte se rindan porque su hermano está llegando a la ciudad, Paul entra al Palacio se enfrenta al emperador derrotado y capturado en el interior de un salón del Palacio, revela sus poderes mentales, puede provocar dolor en sus mentes, incluso controla con su mente a los soldados al servicio del Emperador, ahora es una persona dispuesta a eliminarlos con el poder de su mente, los amenaza y provoca dolor, incluso a la Reverenda Madre Mohiam Bene Gesserit, molesto porque ella colabora con el Emperador y trataba de manipularlo, ahora él lucha contra Feyd-Rautha en un duelo a muerte con la ventaja de sus poderes mentales.

Después de matar a Feyd, Paul demuestra al pueblo sus nuevos poderes mentales muy amplificados y cumple la profecía Fremen, al lograr con sus poderes mentales aparecer la lluvia y caiga sobre la superficie de Arrakis.

Tras retrasar el proyecto numerosas veces, la compañía productora se retiró dejando en suspenso la adaptación fílmica de Dune.

La película, con un metraje inicial de ocho horas fue reducido por el propio Lynch a cinco para su exhibición cinematográfica.