[1]​[2]​ También compitió en atletismo y baloncesto, donde jugó con Antoine Walker, jugador de la NBA.

Sin embargo, decidió no ir a Nebraska, porque quería demostrar que era un buen pocket passer, viéndose también influido por razones académicas.

En su último año lideró al equipo a participar en la Orange Bowl contra Florida Gators, consiguiendo en la temporada 157 pases completos de 251 intentados (62,5%) para 2134 yardas.

McNabb fue elegido 2º en el draft por los Philadelphia Eagles en 1999, por detrás del también quarterback Tim Couch.

McNabb empezó a jugar en la NFL en la 2.ª mitad del partido contra los Tampa Bay Buccaneers en el que perdieron 19-5 el 19 de septiembre.

Se convirtió en el primer jugador de los Eagles, que fue titular en su temporada de rookie siendo quarterback, desde Brad Goebel, y en el primer quarterback rookie elegido en el draft en ser titular, desde John Reaves en 1974.

El pase fue de 6 yardas y dirigido al tight end Chad Lewis.

Rams Marshall Faulk, que estableció el récord de más touchdowns anotados en una temporada.

En la semana 11 (12 de noviembre), en un partido contra los Pittsburgh Steelers intentó 55 pases culminando una gran remontada en la prórroga ganando 26-23.

Fue elegido jugador del año por la CBS Radio y el premio Terry (Bradshaw) en Fox Sports.

Warner no pudo jugar por culpa de una lesión, por lo que McNabb acudió como su reemplazo.

La otra victoria ocurrió en Philadelphia el 30 de diciembre, cuando iban por debajo 21-14, consiguiendo dos anotaciones en el último cuarto, permitiendo así que los Eagles consiguieran el título de la NFC Este con la victoria 21-21 sobre sus archirrivales los Giants.

Posteriormente los Eagles avanzaron por primera vez al partido por el título de la conferencia nacionaldesde 1980, pero cayeron ante los Rams por 29-24.

Con sus victorias en la postemporada McNabb consiguió empatar a Ron Jaworski y Tommy Thompson como el quarterback con más victorias en la postemporada de la franquicia con tres, más adelante McNabb rompería ese récord.

Hasta ese momento llevaba ocho touchdowns en su carrera en los playoffs, solo por detrás de Jaworski con nueve.