Poco después el presidente recibe una llamada del mando aeroespacial del Pentágono para informarle que una nave alienígena se dirige hacia Washington D. C. y Nueva York.

El presidente ordena evacuar la Casa Blanca para proteger al gobierno, pero decide quedarse para no provocar la histeria colectiva; ya que en Rusia estaba habiendo graves disturbios por la llegada de las naves.

La comitiva presidencial a bordo del Air Force One es llevada al Área 51, Nevada, donde llegan a un laboratorio subterráneo conducidos por el Mayor Mitchell (Adam Baldwin) (un proyecto secreto de que ni el presidente estaba enterado), donde un selecto equipo de científicos se encuentra trabajando desde hace años con tres alienígenas capturados en los años 50, e incluso con una de sus naves.

Mientras tanto, en El Toro, los miembros del escuadrón aéreo de élite, "Los Caballeros Negros", equipados con cazas F/A-18 Hornet, se dirigen a contraatacar a los invasores, estando entre ellos el Capitán Steven Hiller (Will Smith).

Entonces lanza un ataque telepático a Whitmore, que estaba afuera del laboratorio con otros miembros, revelando a este sus planes: son cómo las langostas que atacan los planetas, erradican a sus habitantes, consumen todos los recursos naturales y los abandonan, sabiendo que ellos son los siguientes.

Mientras Hiller viaja a Los Ángeles y encuentra a Jasmine y Dylan que lograron escapar vivos del ataque y junto con otros supervivientes encuentran a la primera dama, Marilyn Whitmore (Mary McDonnell) que había intentado escapar en un helicóptero desde Los Ángeles.

Entonces, cuando Julius trata de animarlo mediante palabras, le dice que se levante del suelo o se va a resfriar, lo que le da la idea para neutralizar sus escudos y vencerlos.

David reúne a todos en el cuarto donde descansa la nave, y comunica su plan, luego de hacer una prueba: pide al Mayor Mitchell que dispare a una lata de gaseosa ubicada en la nave alienígena; el primer disparo es repelido por el escudo protector, pero David lo desactiva con un virus de computadora, y al disparar de nuevo, la lata es impactada.

Su plan es utilizar la señal enemiga para introducirlo en la nave nodriza, causar una pequeña explosión para desorientarlos y que dicho virus se transmita a todas las naves de ataque, dando un tiempo prudencial a los humanos para contraatacar.

El secretario de Defensa Albert Nimziki (James Rebhorn), no comparte el optimismo del Presidente y a causa de su constante escepticismo y pesimismo es despedido por Whitmore.

Mientras, los mandos militares se centran en reclutar pilotos para el superataque (hay muy pocos, y a causa de ello tanto el presidente, ex-aviador en la guerra del Golfo, como Casse, participan), además de comunicar a todos los otros comandos militares aéreos de todo el mundo (Israel, Rusia, Japón, etc.) el plan, y que estén preparados para atacar (ya que los alienígenas neutralizaron las comunicaciones por satélite, lo hacen mediante clave Morse), David y Steven se embarcan en la nave (que lleva un misil nuclear con temporizador de medio minuto y un poderoso transmisor de radio para pasar el virus a los comandos de la nave nodriza).

Los muchachos son introducidos dentro de la nave, y proceden a plantar el virus, con total éxito.

El misil nuclear al parecer explotó cerca del sistema de energía, causando un efecto en cadena que reduce al objeto de viaje interestelar a poco menos que escombros espaciales.

Un periodista preguntó a Emmerich por qué había hecho una película con un contenido como Stargate si no creía en los extraterrestres.

Emmerich se dirigió entonces a Devlin y le dijo: "Creo que tengo una idea para nuestra próxima película...".

poseía los derechos del título debido a una película de 1983 que también se llama Independence Day.

Devlin esperaba que, si los ejecutivos de la Fox se daban cuenta de la adición en las copias, el impacto del nuevo diálogo les ayudaría a hacerse con los derechos del título[.

A pesar de esto, la película ganó el Oscar por Efectos Visuales.