Fue fundado en 1932 con la intención de superar al primer equipo.
Presenta la particularidad de ser uno de los pocos equipos filiales con un escudo diferente al del primer equipo, al igual que el Sevilla Atlético, además de contar con himno propio y, hasta los años 80, equipación propia.
Dos temporadas más tarde, en la 2014/15 el equipo descendió de vuelta a Tercera División donde ahí a permanecido durante 8 temporadas.
Hasta que en la temporada 2023/2024 consiguieron el tan esperado ascenso directo a Segunda Federación quedando 1º tras numerosos play-offs de ascensos fallidos.
Ángel Donato Manuel Sempere Cruz y Aitor Soler Aguinaga Francisco Gabriel Santiago Muñoz