Si bien existen documentos que afirman que el departamento San Justo lleva este nombre en honor a los importantes servicios que prestó el presidente de la Nación Justo José de Urquiza al país, el historiador Carlos N. Andrés en 1942 afirmó que tal nombre se debe a una antigua misión jesuita establecida en aquel lugar en el siglo xviii.

[3]​ El departamento San Justo fue creado por decreto provincial del gobernador de Córdoba Mariano Fragueiro el 1 de diciembre de 1859, fecha en que fue dividido en dos el departamento Río Segundo, conservando dicho nombre la parte oeste, y bautizando San Justo a la parte este.

En 1938, hubo intenciones de dividir el departamento San Justo en dos, mediante un proyecto presentado por el diputado provincial Manuel Serra, y así crear uno nuevo, el Mariano Moreno, en el cual la ciudad de Arroyito sería su cabecera.

Para fines catastrales, el departamento se divide en seis pedanías: El departamento comprende 38 gobiernos locales, cuyos ejidos municipales no son colindantes y por tanto no ocupan la totalidad del territorio departamental.

Se encuentran categorizados en 30 municipios: Y 8 comunas: Hay otras 7 localidades que no se constituyen en gobiernos locales y por tanto no poseen ejido municipal ni autoridades propias: Según el censo 2022 la población total del departamento es de 230 335 personas, repartidas en 117 730 mujeres y 112 605 hombres, con un índice de masculinidad de 95,6 hombres por cada 100 mujeres.