Después de su muerte, otros científicos elogiaron su carácter, tanto verbalmente como en dedicatorias y cartas.
Johnston creía que los científicos deben hacer lo que sea necesario, incluyendo tomar riesgos, para ayudar a proteger al público de los desastres naturales.
Hasta la fecha, Johnston, junto con Harry Glicken, es uno de los dos vulcanólogos estadounidenses conocidos por haber muerto en una erupción volcánica.
Dos observatorios vulcanológicos fueron establecidos con su nombre después: uno en Vancouver, Washington, y otro en la cresta donde murió.
Junto con otros que murieron durante la erupción, el nombre de Johnston está inscrito en memoriales dedicados a ellos.