Ljuboja se inició en el fútbol en el club de su ciudad natal, el Dinamo Vinkovci.

Después se fue a Francia, lugar en el cual inició su carrera profesional en la temporada 1998/99 jugando por el Sochaux.

En 2005, el jugador fue transferido al VfB Stuttgart alemán, primero a préstamo, formando la dupla de ataque con el danés Jon Dahl Tomasson.

El club decidió no comprar el pase del jugador, por lo que volvió al Stuttgart a final de temporada.

[2]​ Tras cuatro años en Alemania, en julio del 2009 vuelve a Francia para fichar por el Grenoble Foot 38.