El club fue disuelto por un tribunal y anulados todos sus resultados de la temporada.
El club se reorganizó en 2000 y comenzó a jugar en la Oberliga Westfalen (IV).
En 2014, el club se vio ensombrecido por rumores sobre su precaria situación financiera y la perspectiva de una retirada voluntaria del juego.
Se llevaron a cabo nuevas negociaciones de fusión con el SC Wiedenbruck y el SC Verl, pero terminaron cuando el club evitó la quiebra en octubre de 2014 bajo una nueva dirección.
[5] Los seguidores del FC Gütersloh comparten una sincera rivalidad con el cercano SC Verl, cuyos seguidores se burlan del club de la gran ciudad por su desempeño inconsistente y sus problemas financieros.