[2]​ La forma en la que Cooper escapó de la justicia así como la incertidumbre sobre su paradero continúan intrigando al público.

A pesar del gran número de pistas que se han encontrado con el paso de los años, no se ha encontrado evidencia concluyente sobre la identidad del secuestrador y su paradero.

[5]​ A finales de 1978, cerca del área donde se cree que aterrizó el secuestrador, se descubrió un cartel en el que había indicaciones para abrir las compuertas traseras de un Boeing 727.

[7]​ La agencia reabrió el caso publicando nueva información y varios retratos que nunca antes habían sido mostrados al público con el objetivo de tratar de obtener nuevas pruebas que llevaran a su identificación.

Tina Mucklow, una auxiliar de vuelo que permaneció junto al secuestrador la mayor parte del tiempo, lo describió como una persona agradable y lo suficientemente considerada para pedir que le dieran comida a la tripulación después del aterrizaje en Seattle.

Asimismo, se preguntaban si tendría un cómplice a bordo o si los paracaídas eran para los cuatro miembros de la tripulación que permanecían con él.

[22]​ Sin embargo, el primer oficial Rataczak le dijo que el avión solo podría volar 1600 km en esas condiciones, por lo que Cooper y la tripulación discutieron otras rutas antes de decidir volar hasta Reno, Nevada, en donde se reabastecerían nuevamente.

Momentos más tarde, en la cabina, la tripulación observó una luz intermitente indicando que Cooper intentaba abrir la puerta trasera de la aeronave.

[26]​ Después de dos horas y media del despegue en Seattle, el avión, con la compuerta trasera abierta, aterrizó en Reno a las 22:15.

Las personas que habían interactuado con Cooper a bordo del avión y en tierra fueron interrogadas para crear un retrato robot.

[29]​ Pese a que con el paso del tiempo no aparecía ningún tipo de pistas, la llegada del deshielo con la primavera boreal favoreció que se realizara una búsqueda terrestre extensiva, llevada a cabo por el FBI y más de doscientos miembros del Ejército de los Estados Unidos que estaban estacionados en Fort Lewis.

Después de seis semanas, la búsqueda no rindió ningún resultado,[30]​ por lo que existe controversia sobre si Cooper aterrizó realmente en esa área y si sobrevivió al salto.

Durante los meses que siguieron al secuestro, Northwest Airlines ofreció una recompensa del 15% del dinero que se recuperara hasta un máximo de veinticinco mil dólares, pero la aerolínea retiró la oferta al no aparecer ninguna prueba.

Después de ser analizada, se determinó que pertenecía a la puerta del avión secuestrado.

Aunque inicialmente el FBI creía que Cooper podría haber sido un miembro activo o retirado de la Fuerza Aérea debido a sus conocimientos de aerodinámica y paracaidismo,[18]​ esta hipótesis se descartó, ya que ningún paracaidista experimentado habría intentado un salto tan arriesgado.

El FBI encontró un mensaje escrito a mano por McCoy, así como sus huellas dactilares en una revista que había estado leyendo, las cuales fueron usadas posteriormente para identificarlo.

El sospechoso estaba casado, tenía dos hijos, trabajaba como maestro en una Escuela Dominical mormona y estudiaba ciencias policiales en la Universidad Brigham Young.

[46]​ Cuando se le preguntó directamente si era Cooper, el secuestrador respondió: «No quiero hablar sobre eso».

[4]​ Jo empezó a sospechar y decidió investigar el pasado de su esposo, que había estado en el Ejército durante la Segunda Guerra Mundial y que posteriormente estuvo recluido en una prisión cerca del Aeropuerto de Portland.

Weber declaró que su esposo en una ocasión habló, durante una pesadilla, sobre saltar de un avión y dejar sus huellas dactilares en las escaleras traseras.

[4]​ La agencia comparó las huellas de Weber con las que se encontraron en el avión secuestrado, pero no concordaron.

También bebía bourbon whisky, fumaba y sus rasgos faciales eran similares a los del retrato robot.

[11]​ En 2010, Robert Blevins, un escritor de Seattle, y Skipp Porteous, un detective de la agencia privada Sherlock Investigations, publicaron un libro titulado Into The Blast - The True Story of D. B. Cooper, en el que argumentaban que Christiansen era el verdadero D. B.

[49]​ Sin embargo, el FBI descartó a Christiansen como sospechoso, ya que su complexión, su estatura, su peso y su color de ojos no coincidían con las descripciones dadas por los pasajeros del vuelo 305.

Sin embargo, las autoridades le habían entregado inadvertidamente un paracaídas falso que era usado para dar demostraciones en clase.

[54]​ Asimismo, los investigadores creen que, aunque Cooper tenía prisa por escapar, un paracaidista experimentado se hubiera detenido a examinar su equipo.

Se han creado canciones, obras literarias y películas basadas o inspiradas por el famoso secuestrador.

[58]​ Durante la quinta temporada de la serie NewsRadio, hubo tres episodios dedicados al misterio detrás del secuestro.

En la primera interacción entre Walter White con Saul Goodman en la serie Breaking Bad, Walter aparece con una gorra y anteojos grandes para no ser reconocido, debido a esto Saul le hace un chiste diciendo que debería llamar al FBI y decirles que "encontró a D. B. Cooper".

En la serie Loki de Disney+ estrenada en 2021, se hace referencia a este caso atribuyendo el secuestro al Dios del engaño, que tras saltar del avión es absorbido por el Bifröst de vuelta a Asgard.