De modo que, según el coeficiente del país participante, el club entrará en una ronda o en otra.

El sorteo de emparejamientos se celebró el 21 de abril del mismo año en Nyon, Suiza.

50 equipos provenientes de 50 asociaciones pertenecientes a la UEFA, en donde los participantes en cada ronda se escogieron mediante el coeficiente de la UEFA del año anterior.

Primera Ronda: (28 equipos) Segunda Ronda: (28 equipos) Tercera Ronda: (22 equipos) Disputada del 21 al 29 de junio Disputada del 5 al 13 de julio Disputada entre el 19 y 27 de julio Los 11 equipos que superaron la tercera fase de la competición accedieron a la Copa de la UEFA.

El SC Braga, al ser el equipo que llegó más lejos en la Copa de la UEFA 2008-09 logró tener el trofeo conmemorativo de campeón de la Copa Intertoto pese a haber otros diez ganadores de esta repesca veraniega.