Su estructura la conforma una Presidencia y tres vicepresidencias: Museos, Monumentos y Economía; dos departamentos: Relaciones Públicas e Internacionales, e Informática, además se le subordinan directamente cinco instituciones: Registro Nacional de Bienes Culturales (RNBC), Museo Nacional de Artes Decorativas, Casa Museo Ernest Hemingway, Museo Nacional de la Danza y Museo Biblioteca Servando Cabrera Moreno.
Además, incluye la Comisión Nacional de Monumentos como órgano adscrito .
El CNPC trabaja por la protección, rescate, conservación, restauración, exhibición, investigación y divulgación del patrimonio cultural y natural, así como por la formación de profesionales en la materia.
Ejerce sus funciones en todo el país mediante los Centros Provinciales de Patrimonio Cultural, a los cuales se adscriben los museos, los equipos técnicos de monumentos y los Registros Provinciales de Bienes Culturales.
Su acción se extiende no solo al sistema institucional de la cultura, sino también hacia el resto de los organismos que poseen patrimonio cultural o que requieren información, asesoramiento y control dentro y fuera de Cuba.