Fue fundado en el año 2002 y surgió con la idea de suministrar jugadores para la primera plantilla del club.
Desapareció cuando el primer equipo se trasladó a Granada, pues este era un equipo dependiente del primero.
En la temporada 2005-2006 debuta en la Tercera división española.
Tras la compra del primer equipo, el CF Ciudad de Murcia, desaparece.
Complejo Municipal José Barnés, con capacidad para 2.500 personas.