En la temporada de su debut en la Regional Preferente logró el ascenso a Tercera División, tras proclamarse campeón del Grupo 02 y superar la fase de ascenso.
En la promoción de la temporada 2001-02 no consiguió el ascenso, mientras en la promoción de la temporada 2002-03 barrió a sus rivales (U. D. Barbastro, C. D. Baskonia y S. D. Barreda "B") ascendiendo a Segunda B.
Además en esta última temporada contó con un conjunto filial en la Regional Preferente de La Rioja, que desapareció al terminar la temporada.
[5] Durante su última temporada de existencia alcanzó un acuerdo afiliación con el Comillas C. F., que acababa de inscribirse en Regional Preferente.
Tuvo que renunciar al ascenso a Tercera División tras el descenso de su primer equipo.