En 1994, Águilas por primera vez clasificó a la Primera Categoría Amateur de Pichincha, tuvo 3 participaciones en la famosa “Copa Pichincha”, años 2002, 2003 (Vicecampeón), y 2004 en la que se proclamó campeón del torneo, y ascendió a Segunda Categoría Profesional.

El equipo volador ha sido un semillero donde se han formado deportistas para distintos equipos, por el han pasado futbolistas conocidos como: Álex George, Joffre Pachito, Manuel Cotera, Alberto Capurro, Jorge Chávez, Ramiro Onofre Mejía, Moisés Cuero, Fulton Francis, Kelvin Castro, Cristian Arana, Deny Giler, Renato Cedeño, Francisco Gómez Portocarrero, Javier Jaramillo, Melinton Guerrero, José Chávez, César Moreira, Héctor Segura, Víctor Macías, Christian Valencia, Elson Peñarrieta, John Cagua, Walter Zea, Jaime Iván Kaviedes, entre otros.

En este año él equipo llegó a los Hexagonales Finales, se encontraba en el Grupo A con Mushuc Runa, Cuniburo FC, Deportivo Macas, Fuerza Amarilla, y Alianza del Pailón; pero no se logró ascender.

En este año el club queda por sexta vez campeón de la Provincia, al mando del DT.

[cita requerida] Estos son los 7 jugadores que más goles anotaron con la camiseta de Águilas por partidos oficiales.