En la temporada 1993/1994 el BM Torcal desaparece acuciado por las deudas, siendo así que un grupo de directivos del antiguo equipo fundan el actual Balonmano Antequera.

Desde su fundación pasó por categorías provinciales hasta la temporada 2001/2002, donde consigue plaza, fusionándose al equipo vecino de Sagrada Familia (Málaga), para la Primera División Nacional.

La temporada 2005/2006 resultó impresionante por los números que cosechó el Antequera, proclamándose campeón habiendo perdido únicamente 5 partidos en toda la liga.

Por el contrario, la mayor goleada en contra acaeció en el primer partido de la segunda vuelta, en el que BM Antequera se enfrentaba al F. C. Barcelona en el Palau Blaugrana, perdiendo 41 a 25.

Tras dos años perdiendo en las finales de la Copa de Andalucía, el Balonmano Antequera, se proclamó campeón en la duodécima copa andaluza tras ganar en la ciudad del Torcal en las semifinales al ARS Palma del Río y en la final 21-32 al Balonmano Pozoblanco.

En la Copa del Rey; su rival en cuartos de final fue el Balonmano Ciudad Real y en el partido el equipo manchego venció por 30-22.

[2]​ Tras su disolución, surge el Club Balonmano Torcal Antequera, que competirá en la tercera categoría a nivel nacional, primera división nacional, consiguiendo el ascenso en el primer año a la División de Honor B y la permanencia en dicha categoría durante las siguientes temporadas.