Allí, quedó a puertas del ascenso en 1998 cuando igualó contra Exalumnos de Obrera, en Misiones y manteniéndose así en la cuarta categoría.[11] Con 9 triunfos, 3 empates y 12 derrotas,[11] finalizó quinto con un punto más que Central Norte.[11] En la temporada siguiente integró la Zona E con los mismos equipos, junto a Talleres de Perico, quedando sexto con 14 puntos y siendo eliminado en la primera fase.[12] En la temporada 2010/11 Atlético Concepción consiguió malos resultados,[13] incluso disputó la promoción contra Alvear FC para no descender nuevamente al Torneo del Interior, después de una mala campaña finalizando último en la Zona 7 junto a Atlético Famaillá.Peor ubicación en Primera División: Nacional de 1983 - Último en el grupo G, con seis puntos.