En 2015 fue nombrada Miembro de la Orden del Imperio Británico (MBE).

En el verano de 2002, Stoney se unió al Charlton Athletic, buscando jugar regularmente.

[5]​ Fue nombrada capitana del equipo y lo dirigió a la semifinal de la Women's FA Cup.

[8]​ Tras el descenso de la sección masculina del club en 2007, la femenina se disolvió.

La decisión fue tomada cuando se le ofreció la posibilidad de entrenar a tiempo completo.

[13]​ Durante la Copa de Algarve 2005, marcó su primer gol en un partido contra Portugal.

Stoney fue seleccionada para representar a Inglaterra en la Eurocopa 2005, sin embargo no jugó ningún partido.

[15]​ Ese mismo año, participó en la Eurocopa, en la que Inglaterra quedó en el segundo puesto.

Cuando Faye White se retiró del fútbol internacional en 2012, Stoney fue nombrada capitana de Inglaterra.

[14]​ En 2013, se convirtió en la primera mujer en el comité directivo de la PFA (Professional Footballers' Association).

[23]​ Durante su primera temporada, United ganó la FA Women's Championship (2.ª división) y ascendió a la FA WSL (1.ª división), habiendo ganado 18 de 20 partidos.