Heller fue gerente general de la entidad hasta 2005, cuando fue elegido presidente del Banco Credicoop, entidad cooperativa que en 2007 se ubicaba como el segundo banco privado del país.

[4]​[5]​[6]​[7]​ Fue elegido vicepresidente de Boca Juniors en 1985, acompañando en la fórmula a Antonio Alegre.

Su nombre ha sido mencionado en varias oportunidades como eventual candidato a presidente de la poderosa Asociación del Fútbol Argentino (AFA), sobre todo por parte del dirigente de Vélez Sarsfield, Raúl Gámez, que estaba ideológicamente enfrentado con Julio Grondona.

El triunfo correspondió a la fórmula Macri-Michetti, siendo elegidos Jefe y Vicejefe de Gobierno.

En mayo de 2009, Heller se lanza oficialmente como candidato a diputado nacional apoyado por el peronismo kirchnerista, otros sectores progresistas, y los sindicatos.

En las elecciones realizadas el 28 de junio de ese año, la lista encabezada por Carlos Heller, Noemí Rial y Julio Piumato quedó en cuarto lugar lejos tras las listas encabezadas por Gabriela Michetti (Unión-PRO), Pino Solanas (Proyecto Sur), y Alfonso Prat Gay (Acuerdo Cívico y Social).

Fue elegido junto con el legislador porteño Juan Cabandié y la presidenta del INCAA, Liliana Mazure.

Este Lista quedó afuera de las primarias y apoyó a Mariano Recalde para las elecciones eenerales.