Jugaba como defensa y su último club fue el desaparecido Chivas USA de la Major League Soccer.

Bocanegra inició su carrera profesional en el Chicago Fire, siendo un jugador clave en la defensa durante sus cuatro años allí y eventualmente atrayendo la atención del club inglés Fulham F.C.

En el año 2000, inició su carrera profesional en el Chicago Fire de la Major League Soccer, fue el primer jugador en ser nombrado dos veces como defensa del año de la Major League Soccer.

En los 4 años en la MLS, Jugó 87 partidos, anotó 5 goles y conectó 8 asistencias.

[1]​ Con Fulham, Bocanegra jugó principalmente como defensa central, pero también como lateral y en algunas ocasiones como centrocampista de contención.

Bocanegra tuvo un buen rendimiento en su primera temporada en Francia, jugando los 38 partidos de Rennes en la liga.

[8]​[9]​ Bocanegra fue nombrado capitán del equipo al comenzar la temporada 2011-12, llevando el cintillo en el partido inaugural contra el Bordeaux,[10]​ pero poco tiempo después sería transferido nuevamente.

Sin embargo, la protesta fue rechazada por la UEFA el 24 de agosto ya que Maribor no la realizó 24 horas después del partido.

[12]​ Anotó su primer gol con el Rangers en el partido de vuelta contra Maribor.

[13]​ Bocanegra anotó su primer gol en la liga el 24 de septiembre contra Dunfermline Athletic, en un partido que el Rangers terminaría ganando 4-0.

Durante la fase clasificatoria del Mundial de Alemania 2006 en el 2005, su rol con la selección se volvió un poco más ambiguo, ya que rotó entre las posiciones de lateral izquierdo y defensor central.

Bocanegra fue la primera opción para capitanear a los Estados Unidos bajo el técnico Bob Bradley.