El III Campeonato Europeo de Natación en Piscina Corta se celebró en Lisboa (Portugal) entre el 9 y el 12 de diciembre de 1999.
Fue organizado por la Liga Europea de Natación (LEN) y la Federación Portuguesa de Natación.
Las competiciones se realizaron en las Piscinas Jamor de la ciudad lusa.