Se fundó en 1968 con el nombre de Club Deportivo Santañy, modificándolo al finalizar la temporada 1988-89 al de Club Deportivo Santanyí.
Posteriormente, al finalizar la campaña 2010-11 tomó el nombre de Club Esportiu Santanyí.
En la temporada 2007/08 logró clasificarse para jugar la promoción de ascenso a la Segunda División B, aunque perdió la primera eliminatoria contra el C.D.
Entre 2018 y 2024, colaboró con el Atlético Baleares, siendo el Santañí el filial del club blanquiazul.
[1] El equipo juega en el Estadio Municipal de Santañí, con capacidad para 4.000 espectadores.