[6]​ Hasta el momento sus mejores resultados en la Primera División A fueron los tres subcampeonatos consecutivos logrados en los torneos Clausura 2002, Apertura 2002 (en donde al salir igualado en puntos con River Plate se definió el campeonato por medio de un partido de desempate)[7]​ y Clausura 2003.

En dicha división permaneció solo una temporada, ya que con una exitosa campaña de 30 triunfos, 3 empates, 1 sola derrota, y más de 100 goles, se consagró campeón del torneo de Primera División B 2017-18 logrando el ascenso y retornando a Primera A, donde siempre había estado desde 1991.

[9]​[10]​[11]​ En 2019 participó del primer torneo femenino de la era semiprofesional en Argentina.

[14]​ Notas: Fuente:[19]​ Independiente junto con River Plate son los dos únicos equipos con participación ininterrumpida en los torneos de AFA.

(reporte) Independiente también mantiene rivalidades con Boca Juniors, River Plate y San Lorenzo de Almagro, todos ellos también heredados del fútbol masculino.