[2]​ Se formó en el Plasencia, en tercera división, y en la cantera del Real Valladolid.

Durante su trayectoria en Valladolid participó por primera vez en competición europea (Copa de la UEFA 1997-98) y atrajo la atención del seleccionador nacional, José Antonio Camacho, que lo hizo debutar en un partido amistoso jugado ante Alemania el 16 de agosto de 2000,[3]​ única ocasión en que César vistió la camiseta española.

En su primera temporada como zaragocista contribuyó en la meritoria participación del Real Zaragoza en la Copa del Rey, eliminando a Atlético de Madrid, FC Barcelona y Real Madrid y llegando a jugar la final frente al Espanyol, ante quien cayó derrotado.

Su última temporada en el Real Zaragoza significó el descenso a Segunda División, momento en que abandonó su disciplina para fichar por el Tottenham Hotspur.

[8]​ No consiguió cerrar importantes renovaciones en el equipo ni la llegada de ningún central, y presentó su dimisión el 29 de junio tras solo cinco meses en el cargo y tras la destitución por parte del club del técnico Albert Celades.