A nivel internacional logró 3 títulos, todos ellos en el Campeonato Sudamericano de Clubes Campeones (2004, 2005 y 2006).

El plantel alistó a estos hombres, por orden alfabético: Pedro Aizcorbe, Daniel Anglés, Elías Bissio, Roberto Contini, Alberto Dayán, Víctor Di Vita, José Giuliano, Carlos Induni, Felipe Mattianich, Mario Mattioni, Pedro Rodríguez y Carlos Stroppiana.

Junto a él, Boca salía al rectángulo con Enrique Borda, Jesús María Díaz, Miguel Carrizo, Bernardo Schime, Alberto Desimone, Luis Pérez, Egidio De Fornasari, Alberto Noval, Héctor Vázquez, Rubén Castelli, Juan Carlos Mazzini, Abel Rojas, Luis Torrás, Edgardo Molinari y Héctor Rosales.

[7]​ En 1988 logró el ascenso a la máxima categoría, al consagrarse campeón del torneo organizado por la Confederación Argentina de Básquetbol (CABB).

[8]​ El plantel campeón fue: Byron Wilson, Jerome Mincy, Ariel Bernardini, Luis Villar, Sebastián Festa, Gabriel Fernández, Claudio Farabello, Gustavo Ismael Fernández, Diego Prego, Claudio Chiappero, Sebastián Acosta, Esteban Acosta y Fernando Oyarzún.

Disputó por tercera vez consecutiva el Torneo Copa de Campeones 2000 donde en la Primera jornada venció a Independiente (GP) por 77-74.

En la Liga Nacional de Básquet 2001-02, integró la Zona norte por la Primera fase, donde terminó en la tercera ubicación con 10 victorias y 4 derrotas.

Le tocó la Llave 2 por la Fase clasificatoria, donde se enfrentó en Cuartos de final a River Plate al cuál venció por 2-0.

[14]​El plantel campeón fue: Fernando Malara, Matías Sandes, Martín Leiva, Pablo Rodríguez, Diego Guaita, Paolo Quinteros, Byron Wilson, Juan Sartorelli, Lucas Ortiz, Jonathan Slider, Dewayne McCray, Alejandro Burgos, Matías Fioretti, Leonardo Peralta, Santiago González, Sebastián Chaine y Nicolás Mendyk.

Allí, en los Play Offs por los Cuartos de final se enfrentó a Ribeirao Prieto (Brasil), al cuál venció 2-1.

[22]​ En el Torneo Top 4 2004, Boca se enfrentó por la primera fecha ante Libertad (S) al cuál venció por 90-70.

[25]​ En la Liga Nacional de Básquet 2005-06, Boca integró la Zona sur, donde finalizó en el primer puesto con 12 victorias y 2 derrotas.

En los Cuartos de final por los Play Offs, cayó derrotado ante Ben Hur por 2-0 y se despidió del certamen internacional.

En Primera fase de la Copa Argentina 2006 Boca integró el Grupo 1, donde enfrentó a: Obras, Gimnasia (LP) y Echagüe.

[27]​ El plantel campeón fue: Luis Cequeira, Leonardo Gutiérrez, Martín Leiva, Jamal Robinson, Raymundo Legaria, Jonatan Slider, Lázaro Borrell, Federico Aguerre, Gustavo Oroná, Leandro Podestá, Patricio Rodríguez, Rodrigo Sánchez, Leandro Palladino, Lucas Ortiz, Matías Fioretti y Nahuel Rodríguez.

En Semifinales le ganó a Atenas por 102-99 y en la Final cayó ante Club Atlético Peñarol (Mar del Plata) por 75-74.

En la Liga Nacional de Básquet 2007-08, integró la Zona sur, por la Primera fase, donde terminó en el primer puesto, con 10 victorias y 4 derrotas.

Sin embargo, la comisión directiva consigue firmar un acuerdo con la aerolínea Aerochaco que le permite obtener el dinero necesario para mantener la plaza, y para financiar la actividad del equipo profesional.

De esta forma clasificó a la Tercera fase donde en Semifinales le tocó jugar ante Brasilia (Brasil) cayendo por 82-73.

Comenzó la temporada disputando la Liga Sudamericana de Clubes 2013 donde en la Ronda preeliminar se ubicó en el Grupo A.

En la Liga Nacional de Básquet 2013-14 disputó la Zona sur por la Primera fase donde terminó en la quinta ubicación con 7 victorias y 7 derrotas.

De esta forma, culminaría el grupo en la primera ubicación, clasificando al Final Four donde caería en Semifinales ante Mogi das Cruzes (Brasil) por 87-85.

Por la Liga Nacional de Básquet 2014-15 integró la Conferencia sur por la Primera ronda, donde terminó en el sexto puesto con 8 victorias y 10 derrotas.

En los Play Offs por la permanencia se enfrentó ante Echagüe, el cual había finalizado último en la Conferencia norte.

Definiría el Xeneize la serie de local al haber conseguido 9 puntos más en la Segunda ronda.

Comenzó disputando el nuevo Torneo Súper 20 2017 que se empezó a jugar como modo de pretemporada.

Boca logró una gran actuación, terminando la etapa clasificatoria en el cuarto puesto, con 25 victorias y 13 derrotas.

En la temporada 2022/23 el entrenador Gonzalo García presentaría la renuncia,[44]​ tras perder contra Platense luego de un mal arranque (7-8).

Clasificaría quinto a la siguiente etapa, revirtiendo el mal arranque y finalizando con un récord de 25-13.

De igual forma se le han agregado ciertos detalles a la camiseta, tanto negros como amarillos.