Jugó con este equipo durante 4 años, hasta 2010, salvo en 2007, año en que fue cedido al Swisslion Takovo.

En verano de 2010 fue fichado por el equipo ruso del CSKA Moscú, debido a la insistencia de su entrenador Duško Vujošević, pero cuando éste fue despedido, Marjanović tampoco tuvo sitio en el equipo, y al poco tiempo fue cedido al club lituano del Žalgiris Kaunas.

[1]​ Sin embargo, después de firmar por el equipo texano, y para cuidar una lesión en el pie izquierdo, se le prohibió jugar con Serbia el Eurobasket 2015.

En varios partidos tuvo buenas actuaciones, consiguiendo más de 10 puntos y 10 rebotes en algunas noches.

Anotó 15 puntos y capturó 9 rebotes en un total de 21 minutos, sin embargo, el equipo perdió 104 a 111 con los Miami Heat.

Se encontró jugando en un equipo joven junto a otras figuras europeas como el esloveno Luka Dončić y el letón Kristaps Porziņģis, que estaban rindiendo a gran nivel hasta que la temporada 2019-20 se vio interrumpida por la pandemia de Covid-19.

Al reanudarse la temporada en agosto, el equipo texano consiguió clasificarse para los Playoffs como séptimos de la conferencia Oeste.

En playoffs sus números fueron ligeramente superiores, jugando una media de 13,7 minutos, con 6,8 puntos y 5,8 rebotes.

En 2015, San Antonio Spurs, prohibió a Boban disputar el Eurobasket 2015 por riesgo de lesión.

En 2017 pudo participar, y su selección ganó la plata en el Eurobasket 2017, al perder la final contra Eslovenia.

Marjanović hizo un cameo como Jānis Krūmiņš en la película dramática deportiva serbia del 2015 titulada We Will Be the World Champions.

[16]​[17]​ En 2019, interpretó a un asesino llamado Ernest en el thriller de acción estadounidense John Wick: Chapter 3 - Parabellum.

En 2022 aparece interpretando a un jugador de baloncesto serbio en la película Garra, producida por Adam Sandler.