En San Diego, California, Leadon conoció a sus compañeros Ed Douglas y Larry Murray, del grupo local de bluegrass Scottsville Squirrel Barkers.

Los Squirrel Barkers, complementados por el intérprete de banjo (y futuro Flying Burrito Brother) Kenny Wertz, acabaron pidiendo a Leadon que se uniera al grupo cuando Wertz se alistó en las Fuerzas Aéreas en 1963.

Leadon grabó un álbum con la banda, su segundo lanzamiento, Of Horses, Kids, and Forgotten Women, para Capitol Records.

El disco fue un éxito local, pero no logró hacerse un hueco en las listas nacionales de álbumes.

En 1968, el grupo grabó su clásico y muy influyente LP, The Fantastic Expedition of Dillard & Clark.

Leadon abandonó Dillard & Clark en 1969, y finalmente se reencontró con el ex-Squirrel Barker (y ex-Byrd) Chris Hillman, quien le pidió que se uniera a los Flying Burrito Brothers, una incipiente banda de country-rock que Hillman había formado un año antes con su compañero ex-Byrd Gram Parsons.

Leadon fue el último miembro original que se unió a los Eagles,[4]​ una banda formada inicialmente por el guitarrista/cantante Glenn Frey, el batería/cantante Don Henley y el ex bajista/cantante de Poco Randy Meisner.

Su continuación, Desperado, fue otra sólida aventura de country-rock, destacada por los clásicos "Tequila Sunrise" y el tema principal.

Leadon tuvo un papel destacado en el álbum, pero las críticas fueron sorprendentemente tibias y las ventas escasas.

Como resultado, la banda intentó distanciarse de la etiqueta "country rock" para su tercer álbum On the Border.

[6]​ Al dejar los Eagles, Leadon se retiró de la escena, para reaparecer en 1977 con su amigo músico Michael Georgiades en el álbum Natural Progressions (acreditado como The Bernie Leadon-Michael Georgiades Band),[7]​ con Leadon y Georgiades en las guitarras y alternando las voces principales, junto con Bryan Garofalo en el bajo, Dave Kemper en la batería y Steve Goldstein en el teclado.