Está formada por dos franjas horizontales del mismo tamaño y una vertical con los colores panafricanos: rojo, verde y amarillo.
En la franja vertical está representada la «Estrella negra africana».
El color rojo recuerda a los que murieron por la independencia, el verde a los bosques y a la agricultura, y el amarillo al oro y la riqueza del país.
Su diseño está basado en el de la bandera del Partido Africano para la Independencia de Guinea y Cabo Verde (PAIGC).
Los colores son los típicos del panafricanismo con una significación específica para cada elemento: La actual bandera bisauguineana es similar a la del estado estadounidense de Texas cuyos colores son el rojo, blanco y azul; con una estrella blanca.