En 1974 el presidente Suharto le convenció de regresar a Indonesia y lo nombró asesor tecnológico de la presidencia.
En 1978 fue designado ministro de Tecnología e Investigación, cargo que ejerció durante 20 años y que lo convirtió en uno de los más influyentes miembros del régimen de Suharto.
En marzo de 1998 fue elegido vicepresidente por el Parlamento, y apenas dos meses después, tras la renuncia de Suharto fue nombrado presidente, manteniendo los mismos lineamientos del régimen.
Pero a principios de 1999 emprendió una fuerte reforma política, promoviendo el pluralismo y la descentralización del país.
Convocado un nuevo Parlamento en octubre de 1999, Habibie perdió la posibilidad de continuar su mandato ante el líder islamista Abdurrahman Wahid.