En artes marciales mixtas, ha competido en las divisiones de peso ligero, wélter y semipesado.

[2]​ Callos había puesto ojeadores en los gimnasios locales en busca de personas para entrenar con él.

[3]​ El padre de B.J., Jay Dee Penn, llamó a Callos y le dijo que sus hijos estaban interesados.

[2]​ Callos enseñó a BJ y su hermano todo lo que sabía.

se trasladó a San José, California, para comenzar a entrenar en AKA con Dave Camarillo y Bob Cooke, quien vivía con él y forjó una gran amistad.

Penn perdió la pelea por decisión mayoritaria, siendo esta la primera derrota de su carrera profesional.

Esta vez Hughes noqueó a Penn en la tercera ronda.

[13]​ En 2008, Penn se enfrentó a Joe Stevenson por el campeonato vacante de peso ligero en UFC 80.

[15]​ En mayo del mismo año en UFC 84, Penn defendió el título ante Sean Sherk al cual noqueó en la tercera ronda.

[21]​[22]​[23]​ Tres meses más tarde, Penn volvió al peso wélter y se enfrentó por tercera vez ante Matt Hughes en UFC 123, al que ganó por nocaut en 21 segundos.

Penn se enfrentó a Jon Fitch por la contendencia al título en UFC 127.

Se esperaba brevemente que regresara en abril de 2016 en el UFC 197.

[31]​[32]​ Un comentarista dijo que Penn se debería retirar a lo que el actual campeón de peso wélter de la UFC Tyron Woodley comentó: "Para mi no se debería retirar, solo escoger bien sus oponentes".

[34]​ En preparación para la pelea contra Hall, Penn volvió a entrenar en Nova União.