Pasaron 16 años para que el Alagoinhas Atlético Clube regresara a un torneo nacional cuando regresó al Campeonato Brasileño de Serie C en donde fue eliminado en la primera ronda por el AD Confiança y el Club Sportivo Sergipe, ambos del estado de Sergipe finalizando en el lugar 34 entre 60 equipos.
[10] Tres años después vuelve a jugar en la tercera división nacional donde es eliminado en la primera ronda terminando en el lugar 49 entre 64 equipos.
[11][12] Un año después regresa por cuarta ocasión a la Serie C en donde es nuevamente eliminado en la primera ronda y terminó en el lugar 43 entre 63 equipos.
En 2020 logró ser subcampeón del Campeonato Baiano tras perder en la final ante Bahia por 7 a 6 en penales, así logró ser subcampeón después de 47 años, lo que le dio la clasificación al Campeonato Brasileño de Serie D por tercera ocasión y segunda consecutiva.
En 2021 disputó la final Campeonato Baiano tras eliminar en semifinales al Juazeirense en tanda de penales por 3 a 2.