Estos equipos tenían de fábrica un Sistema Operativo (SO) {en inglés: OS} integrado en la ROM.
Estas extensiones, contenían el software controlador de disco (lo más importante) y otras características como el "Sistema Administrador de Archivos" o FMS {-> del inglés: File Manager System}.
Al igual que la mayoría de los DOS de la época, al arrancar {en inglés: boot} o reinicializar {reboot} el computador, el FMS se cargaba en RAM desde un disquetes.
Los archivos podían tener nombres 8.3 (según la convención conocida en el sector de los PC compatibles con MS DOS).
Durante el proceso de arranque {en inglés: boot} el DOS.SYS se cargaba en la memoria, en tanto que DUP.SYS que contenía las utilidades de disco, solamente se cargaba cuando el usuario "salía" hacia el a DOS.
Mediante la organización de los sectores en bloques, Atari estaba anticipando disquetes con mayor capacidad, pero esto dio lugar a una incompatibilidad con el DOS 2.0S.
El DOS 2.5 se entregaba junto a las disqueteras 1050 y con algunas de las primeras unidades XF551.
Un nuevo formato de archivo patentado hizo que el DOS XE fuera incompatible con DOS 2.0S o DOS 2.5.
Entonces, se necesitó de un utilitario independiente para poder leer los antiguos ficheros grabados en formato 2.0.
El DOS XE también permitió agregarle sellado de fecha {en inglés: date-stamping} a los archivos y subdirectorios.
Nombre en clave durante la producción: QDOS Diseñado para el modelo 1450XLD que nunca se vendió, los derechos fueron devueltos al autor (Michael Barall) quien lo dejó al dominio público.
No era compatible con discos de formato DOS 2 o 3, pero podía leer archivos grabados en ellos.
A menudo, esos DOS podían leer discos de alta densidad, o ajustar la unidad para que leyera más rápido los disquetes (usando técnicas como "Warp Speed" o "Ultra-Speed").
Fue escrito por Paul Laughton, Mark Rose, Bill Wilkinson y Mike Peters.
Este DOS añadía la capacidad de usar subdirectorios y podía controlar discos duros.
Publicado por Wordmark Systems, se dispone del código fuente completo.
Es una versión más refinada de SpartaDOS, que es muy similar al MS-DOS en su apariencia {en inglés: look and feel}.
Una nueva función añadida "RADIX", se podía usar para convertir números hexadecimales hacia base 10 o viceversa.