Su padre, Ladislav Zápotocký, fue uno de los fundadores del Partido Socialdemócrata Checo (ČSSD, por sus siglas en checo junto con Josef Boleslav Pecka-Strahovský y Josef Hybeš.

Fue secretario general del KSČ de 1922 a 1925.

Zápotocký fue nombrado primer ministro el 15 de junio de 1948, reemplazando a Klement Gottwald, que se convirtió en presidente.

Mediante la Constitución del 9 de mayo, Zápotocký asumió dicho cargo hasta que él fue elegido presidente una semana después.

[4]​ Zápotocký favoreció una vía de gobierno más humana, pero el verdadero gobernante era el primer secretario general, Antonín Novotný, y en una reunión en Moscú, Unión Soviética, se le dijo a Zápotocký que se adheriera al "liderazgo colectivo", cediendo el poder a Novotný.